Borgarlínan byggir á undirbúningi, stefnum og ákvörðunum stjórnvalda undanfarin ár. Verkefnið er hluti af samgöngusáttmála ríkis og sveitarfélaganna á höfuðborgarsvæðinu sem felur í sér sameiginlega framtíðarsýn og heildarhugsun fyrir alla ferðamáta.
2. október 2020 stofnuðu ríkið og sex sveitarfélög á höfuðborgarsvæðinu: Garðabær, Hafnarfjörður, Kópavogur, Mosfellsbær, Reykjavík og Seltjarnarnes opinbert hlutafélag um uppbyggingu samgönguinnviða á höfuðborgarsvæðinu. Þetta nýja félag heitir Betri samgöngur ohf. og mun hafa yfirumsjón með framkvæmdum vegna uppbyggingar samgangna og fjármögnun þeirra, þar á meðal innviði almenningssamgangna.
Verkefnastofa Borgarlínunnar formlega til starfa sumarið 2019 en hún sinnti undirbúningi fyrstu framkvæmda Borgarlínunnar og var samstarfsverkefni Vegagerðarinnar og Samtaka sveitarfélaganna á höfuðborgarsvæðinu. Verkefnastofan starfaði til ársloka 2020 en þá tók Vegagerðin við keflinu og hefur umsjón með Borgarlínunni og framkvæmdum í tengslum við hana.